הסיפור מתחיל כשהבלש עטור ההצלחות הארי גודמן נעלם באופן מסתורי, דבר הגורם לבנו לנסות לברר מה קרה. מי שעוזר לו בניסיון הזה הוא השותף לשעבר של הארי, הבלש פיקאצ’ו; בלש-על, חכמולוג, קורע מצחוק ומקסים, שאפילו בשביל עצמו הוא תעלומה. כששניהם מגלים שבאופן מוזר הם נועדו אחד לשני כיוון שטים הוא היחיד שיכול לדבר עם פיקאצ’ו, הם משלבים כוחות בהרפתקה מרגשת בשביל לפזר את הערפל מעל לתעלומה המסתורית הזו. יחדיו, שניהם רודפים אחרי רמזים ברחובותיה המוארים בניאון של העיר ריים – מטרופוליס תוסס ומודרני שבו בני אדם ופוקימונים חיים אחד לצד השני בעולם היפר-ריאליסטי מלא בפעולה – ונתקלים במגוון רחב של פוקימונים עם תכונות ייחודיות וחושפים קנוניה מזעזעת שעלולה להרוס את דו-הקיום השלו ומאיימת על כל יקום הפוקימונים